此外，第33卷第4期湖南農業大學學報(自然科學版)中的論文《栽培方式對超級雜交稻生理特性和產量的影響及其灰色關聯度分析》、2007年《雜交水稻》雜志中的論文《超級稻兩優0293在浙江仙居示范表現及高產栽培技術》等均將“兩優0293”稱為“超級水稻”。前者作者為吳朝暉、袁隆平等，后者作者為朱貴平、萬宜珍等。
隆平高科執行總裁彭光劍解釋說，“超級稻”分為農業部認定和省農業廳認定兩種，“兩優0293”屬于后者，即通過湖南省農業廳認定，“‘兩優0293’是由湖南省認定的一個超級稻品種。”彭光劍說道。這意味著，超級稻分為“國家認定”和“省級認定”兩種，且名單品種并不一致。
彭光劍認為，農業部的說法只是說明“兩優0293”不是農業部認定的超級稻：“(湖南省認定)當然有效，這本身就是兩級認證機構。”彭光劍表示，兩者并不沖突，“有國家認定的品種，也有各個省認定的品種，你不能說各個省自己認定的品種就不叫認定品種，只能說認定品種的級別不同。”
隆平高科或涉嫌虛假宣傳
針對涉嫌虛假宣傳的質疑，隆平高科表示，公司在產品內外包裝上都對該品種易感稻瘟病做出了標注，也對大田生產給予了一定技術服務，包括短信提示天氣異常、APP推送種植知識等，但由于稻瘟病的兇險程度非常高，這些措施并不能完全防止稻瘟病發生。同時，由于農戶人數眾多且分散，導致公司提供的相關售后服務效果不理想。
公開報道指出，安徽省種子管理總站的調查結果顯示，2014年10月，安徽蚌埠、安慶、合肥、滁州、馬鞍山、淮南等六市種植的“兩優0293”發生大面積減產、絕收，受災面積超過萬畝。此后半年內，安徽省農業委員會下屬的種子管理總站多次向國家農業部上書，要求重新審定超級稻“兩優0293”的種植區域，希望“不再包含我省”。2015年3月以來，受災農民與隆平高科在補償數額上再起爭端。
報道還質疑，迄今為止已有111個經農業部認定的超級稻品種推向市場。這些稻種是否真的像破世界紀錄時那般“超級”?為全國增產增收貢獻幾許?為何在業內田間總是爭議不斷?
另據了解，今年2月10日即有媒體公開報道此事，安徽省蚌埠市農民反映，當地去年1萬多畝稻田出現大面積減產，部分絕收，“兩優0293”被認為是問題稻種。當地官方認定，天氣是導致農民受損的主要原因，被指銷售涉事稻種的公司亦否認“虛假宣傳”等指控，但部分農民未停止維權。
當時隆平高科董事會秘書陳志新對外界表示，“兩優0293”銷售、宣傳中是否存在虛假和欺騙，他不予評論。