起訴書顯示，2008年8月至2011年12月，陳英旭用自己課題總負責人的身份，將關聯公司列為課題外協單位，再通過授意關聯公司開具虛假發票、編造虛假合同、編制虛假賬目等手段，將1022.6646萬元專項科研經費套取或者變現非法占為己有。
兩家關聯公司是杭州高博環保科技有限公司(以下簡稱“高博公司”)、杭州波易環保工程有限公司(以下簡稱“波易公司”)，兩公司的實際控制人系陳英旭的博士生楊尚源、王云龍。
苕溪課題共分10個子課題，其中高博公司參與了第3子課題，高博公司、波易公司參與第4子課題，波易公司參與第10子課題。而檢察院最終認定出問題的，是第4子課題與第10子課題。
在一些人士看來，更值得反思的是科研經費管理上的問題。
戴夢華就認為，雖然陳英旭在科研經費上的操作確有不規范之處，但更多的是源于科研經費管理的諸多主客觀因素。
陳英旭是2008年正式接手苕溪課題，課題的實施期為2008年8月至2010年12月。但其中國撥經費2009年4月才到位，地方財政的配套資金更是遲遲未能完全落實。
“苕溪課題實施時間短，經費撥付又存在滯后性。因此，很多研究工作很難在實施期限內完成或達到良好的效果。”戴夢華說，據了解，苕溪項目的實際操作周期又比預想的時間長，至少需要5年的時間。但根據財政部的相關規定，課題實施期限到期做結題驗收后，未用完的科研經費要退回國家。
他在辯護詞中寫道，考慮到課題后期工作主要有示范工程重整修復、運行維護以及產業化推廣等重要工作，仍需要大量的資金支持，從而保證科研成果得到有效的保護，為將來產業化經營以及“十二五”課題的申報和運行打下良好的基礎，因而，“課題組只能通過變通的方式，將部分將來需要用的資金轉移出來，目的仍然是為將來課題的深入開展維護做更好的服務”。
戴夢華表示，科研經費與行政費用不同，很多花費按照現行規定無法做預算。例如，高博公司在課題申報開始，組織力量協助陳英旭開展水專項的前期調研和協調工作，至國撥經費到賬前，高博公司實際發生包括業務費、差旅費、人員工資和津貼、辦公費用等各項費用共計85萬多元。“這些費用都是為苕溪課題服務的，但是無法體現到預算中，國撥經費中也沒有對這些費用進行補償”。
同時，按照規定，項目的示范工程應該由地方財政配套或者企業投入，但實際操作的時候，地方財政始終無法落實相關費用，企業也不愿出錢，“課題組只能通過高博公司和波易公司從國撥資金中尋求支持”。
記者在走訪浙江大學環境與資源學院時，也聽到了類似的看法。一位不愿意透露姓名的教師表示，陳英旭的出事更多的是因為科研經費的體制問題，“你想想，2009年把錢撥出來，2010年讓你結題把錢花光，這肯定不科學。我們做課題也碰到過這樣的問題，也是要自己掏錢。有些項目還好，資金到位之前，先墊付，賬掛著，資金到位之后，我們可以把這個錢還掉，但是像他這個大項目，很容易出事。”
有關重大專項科研經費管理的《民口科技重大專項資金管理暫行辦法》是2009年9月才出臺。而有關墊付和歸墊的規定《關于加強和規范民口科技重大專項資金墊付與歸墊管理有關事項的通知》是2010年11月出臺，有關驗收的文件《水體污染控制與治理科技重大專項驗收暫行管理細則》則是在2011年7月出臺征求意見稿。
戴夢華認為，法律的滯后和實際操作過程中的種種問題，才導致了苕溪課題組最終出現科研經費的問題，“從中央到地方，從科研院所到各類學術機構，在項目科研經費使用上不合規的并非個別現象，這與經費使用管理制度缺乏和滯后有關”。