慈禧死后20年，即1928年7月4日至10日。軍閥孫殿英盜掘了乾隆帝的裕陵和慈禧陵，毀棺拋尸，掠走了全部隨葬珍寶。慈禧遺體被拋出棺外，嘴里的寶珠被摳走，上衣也被扒光了，下體僅剩一條內褲。
盜案發生后，溥儀派載澤、耆齡、寶熙等人到東陵對慈禧的遺體進行了重新安葬。載澤等人鉆進地宮，見慈禧遺體趴在棺蓋上，頭朝北，腳朝南，左手反搭在后背上。在地宮里已暴尸40多天，遺體上出現了許多斑點，長滿了白毛。
載澤等人見內棺尚完好，可以繼續使用，于是命旗婦用一塊黃綢子將慈禧遺體蓋上，將一件黃緞褥鋪在遺體一側，然后慢慢翻轉尸身，正好將遺體仰臥在黃緞褥上。只見慈禧面色灰白，兩眼深陷無珠，顴骨高隆，嘴唇有傷痕。眾人幫扶著，用如意板將慈禧遺體抬入棺內，如意板未撤出。遺體上蓋上一件黃緞被，把從地宮里拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黃綢子包好，放在被上。載澤又將當年得到的慈禧遺物——一件黃緞袍、一件坎肩蓋在被上，蓋上棺蓋，用漆封上棺口，重殮完畢。
第三次入棺:1984年文物局清理內棺搬出尸體
1979年2月17日，清東陵文物保管所對慈禧地宮進行了清理。因為要趕在五一節開放慈禧地宮和慈安陵地面建筑，保管所領導決定將慈禧內棺留到旅游淡季再清理。
1983年12月初，旅游已進入淡季。保管所領導決定清理慈禧內棺。12月6日，清理小組打開棺蓋后，看到一件黃緞大被把棺內蓋得嚴嚴實實，被上蓋著兩件衣服。很顯然，這是1928年載澤等人重殮時的原狀，55年來一直沒人動過。為穩妥起見，保管所領導決定先蓋上棺蓋，封閉地宮，將此事向上級匯報。
1984年1月4日，國家文物局派來了幾名專家，與清東陵文物保管所組成了一個清理慈禧內棺10人小組。
第二天，清理小組依次揭取了被上的兩件衣服，發現了包著慈禧指甲和牙齒的小黃包。當將黃緞卷走后，慈禧的遺骸呈現在眼前，她的臉部及上身用黃綢包裹著，下身穿著褲子，褲子上繡滿了“壽”字，一只腳上穿著襪子。遺體仰身直臥著，頭微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂于身體左側，兩眼深陷成洞，腰間扎著一條絲帶。遺體仍是完整一體的，全長153厘米。
清理小組用她身底下的如意板將遺體從棺中抬出，放在地宮的地面上。在棺內噴灑了防腐消毒藥液后，又將慈禧的遺體抬入棺內。這是她死后第三次被抬入這口棺中。然后將被、小黃包及兩件衣服完全按原樣、原位置放回。一切都恢復了原狀后，又往棺內噴灑了一遍藥液，蓋上棺蓋，封好棺蓋口，木工們將殘破的外槨修好后，套在了棺外。
如今，慈禧的遺體仍完整地躺在棺木內，保留著1928年第二次入殮時的原樣。（華聲在線）