早在臺北101大樓規劃階段，島內便有影響松山機場航道的討論，2001年“9·11”恐怖襲擊事件后，類似討論更多。2008年馬英九上任后與大陸開啟兩岸直航，臺軍方的心態更為復雜，始終放不下安全方面的顧慮。臺“國防部”曾公開表示，“兩岸直航可能壓縮臺軍現有戰備預警及反應時間，切割海、空訓練空域，暴露空防戰力要點，對臺灣安全勢必造成影響”。臺軍方認為，解放軍“可利用客機及商船，合法穿越臺海上空，進入臺屬海域進行偵察、滲透和突襲”，甚至猜測大陸可能利用客機和商船搭載軍人，上演“木馬屠城”，到達臺灣的機場或港口后一舉“解除臺軍武裝”或攻擊要害目標。
《中國時報》直言，臺軍一直沒有停止針對兩岸直航的軍事準備，各直航機場港口都部署了應變部隊，在必要時執行反空降任務;憲兵和陸戰特勤隊也以反恐、反劫持和反特攻為主要任務，萬一真的發生民航機遭劫持狀況，臺灣防空系統可以輕易掌握飛機動態，采取進一步手段，其中包括迫使遭劫持飛機降落，“是否包括其他手段，屬于極為敏感且艱難的決定，相關單位絕對不會對外說明”。文章也承認，兩岸直航幾年來，除了班機誤點外，從未發生更嚴重的狀況，馬英九2014年曾在國民黨中常會特別提到這一點，“當年我們主張兩岸直航的時候，也有反對黨的立委擔心大陸民航機過來后面會跟著戰斗機……各位，已經飛了幾年了，有沒有戰斗機來呢？都沒有啊!”(林 曦)