檢方同時認為，胡志強的結論主要依據的是文書、報告等，沒有參與尸體解剖。“能不能認為你對原來的尸檢過程獲取的證據是認可的，只是不認可它的結論？”“如果你連尸檢獲取的證據也不認可，你再根據它出具結論，你不覺得是矛盾的嗎？”
法官當庭表明，胡志強所說的內容，不屬于《中華人民共和國刑事訴訟法》規定的鑒定意見，應該作為對鑒定意見的質證意見，不能單獨作為定案依據。
爭論焦點四：林森浩行為是“故意殺人”還是“惡作劇”？
庭上，林森浩表示，之所以在飲水機中投放N-二甲基亞硝胺試劑，源于愚人節中黃洋口中的一個整人方法。林森浩稱跟黃洋平時無怨恨，獎學金雙方都有，也無考博名額之爭，所以，對于判決書上認定“林森浩因瑣事對黃洋不滿，逐漸對黃洋懷恨在心，決意采取投毒的方法加害黃洋”的事實是錯誤的。實質上上訴人只是出于“愚人節”捉弄黃洋的動機而實施投毒，沒有殺害黃洋的故意。
爭論焦點五：為何不提質譜圖以供參考？又為何不做定量分析？
庭審中辯護人指出，按照水桶中1200毫升的量算，黃洋喝下去的不到致死量。辯護人在庭審中多次表示，辯護人多次要求檢方出示關鍵證據質譜圖，檢方卻遲遲未被拿出。
“只有定性，沒有定量。”辯護人提出質疑，并希望檢方能回答為何不提質譜圖以供參考？又為何不做定量分析？辯護人稱，檢出N-二甲基亞硝胺的證據經過多人的手才到了公安手中，即便是醫學專業人員，也很難保證證據的純粹性。
檢方反駁稱，三份質譜圖比對證明毒物是N-二甲基亞硝胺。檢方同時否認故意不提供質譜圖的說法。檢方稱，黃洋的致死量沒有精確數據，因為不能拿人做實驗，因此定量檢測沒有意義。
辯方提出，同樣是黃洋的尿液樣本，“為何一開始司法鑒定所沒有檢測出，而上海市公安局物證鑒定中心檢測出了N-二甲基亞硝胺”，對于這個問題，檢方以證人證言稱，兩個機構使用的檢測方法不同，所以檢測結果有出入屬于正常。
檢方：檢方稱林森浩的辯護不能支持 望法庭維持原判
檢方認為，林森浩的供述與整人證言確有不一致，但雙方對于購買、試驗、試驗后放置地點等關鍵情節都能相互印證。本案鑒定作出了黃洋符合N-二甲基亞硝胺中毒致急性肝壞死引起急性肝衰竭,繼發多器官功能衰竭，“我們認為是充分的”；同時指出，沒有任何證據表明黃洋死亡與暴發性乙型肝炎有關。因此檢方認為重新鑒定沒有必要。
在林森浩提出的并非真正殺人，而是出于惡作劇的心理，檢方強調，所謂的“惡作劇”、“玩笑”確實有相關證據佐證，但他把其作為動機，“我們認為得不出這個結論”，更無法得出林“是為了傷害不是為了殺害”。對林森浩的這一辯解檢方表示不予支持。
檢方還表示，被害人家屬多次致電檢方要求維持原判，且林森浩在上訴澄清中未提供更多證據，因此綜合各因素希望法庭維持原判。
法學教授：林森浩很難說他不是故意殺人的
中國政法大學教授、青少年犯罪教研室主任皮藝軍表示，林浩森惡作劇的說法缺乏依據，因為他選擇的是致命的毒物，而不是普通的毒物。而且受害人中毒后，他放任自己行為產生的惡果，沒有及時坦白彌補過錯，導致受害人錯失醫治良機，這很難說它不是故意的。只能從他行為的動機判斷他是直接故意還是間接故意，這兩種情況量刑還是有所區分的。