在準備階段，根據三年期公益性資本項目建設及投融資計劃，下一年度確需舉借政府債務的部門及單位，應提前做好項目可研、立項審批、投資及償債計劃等相關工作并報政府批準。
第二個階段為“一上”，主管部門對部門本級和所屬單位的債務預算建議計劃審核匯總后，在規定時間內報送財政部門。
第三個階段中，財政部門對各部門上報的債務預算建議進行審核匯總，并經過一些環節后，確定下達有關部門一般債務和專項債務預算收支控制數，此為“一下”。
在“二上”中，各部門就債務預算控制數進行分解細化，并落實到所屬單位和具體項目，匯總形成部門債務預算隨部門預算草案上報財政部門審核匯總。
財政部門則將上年結轉債務資金及支出安排、以前年度債務下年還本付息支出等內容編入本級政府預算草案。值得注意的是，《辦法》規定，在財政部門獲得上級財政下達國務院債務限額后，才可將下年度政府債務及相應支出編入預算草案。
最后一個步驟“二下”，是財政部門將本級政府預算草案報本級人大審議。
財稅專家李文海評論說，這一系列步驟體現出現代財政制度中應有的債務風險監管、防范、化解的制度體系和機制，舉債主體受到財政部門和人大的監督，有利于充分發揮公共債務的積極作用，將負面作用控制在最低，將風險控制在可承受范圍內。